Rangkuman 3 Jurnal Tentang Bioinformatika

RANGKUMAN JURNAL BIOINFORMATIKA

Nama   : Maulana Iqbal

NPM   : 544121485

Kelas   : 4IA04

ABSTRAKSI

Bioinformatika merupakan kajian yang memadukan disiplin ilmu biologi molekul, matematika dan teknik informasi. Bioinformatika berperan dalam bidang klinis dalam bentuk informasi klinis, identifikasi mutasi gen-gen penyebab penyakit, terapi gen, dan pengobatan individual sesuai profil genetik setiap pasien. Bioinformatika juga berperan dalam identifikasi agen penyakit baru, diagnosis penyakit baru dan dalam penemuan obat. Aplikasi dari bioinformatika dalam penemuan obat ini menggunakan pendekatan genomik untuk identifikasi target-target obat dan desain senyawa untuk obat yang akan berikatan dengan DNA target.

Bioinformatika merupakan suatu bidang interdisipliner yang saling menunjang dengan disiplin ilmu lain. Bidang yang terkait dengan bioinformatika adalah biofisik, biologi komputasi, informatika medis, informatika kimiawi, genomik, proteomik, farmakogenomik dan farmakogenetik.

Kata kunci: Bioinformatika, genom, proteomik, farmakogenetik, farmakogenomik.

BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bioinformatika adalah aplikasi dari alat komputasi dan analisis untuk menginterpretasikan data-data biologi. Bioinformatika berkembang menjadi kajian yang memadukan disi-plin ilmu biologi molekul, mate-matika dan teknik informasi. Kajian bioinformatika tidak lepas dari perkembangan biologi molekul modern yang ditandai dengan kemampuan manusia untuk memahami genom, yaitu cetak biru informasi genetik yang menentukan sifat setiap makhluk hidup yang disandi dalam bentuk pita molekul DNA (asam deoksiribo-nukleat). Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perangkat-perangkat keras maupun lunak.

Kelahiran bioinformatika diawali dengan perkembangan bioteknologi di era tahun 70-an, ketika seorang ilmuwan AS mela-kukan inovasi dalam mengem-bangkan teknologi DNA rekombinan. Berkat penemuan ini lahir-lah perusahaan bioteknologi per-tama di dunia, yaitu Genetech di AS yang memproduksi hormon insulin dalam bakteri.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apa itu BioInformatika ?

2. Pemanfaatan BioInformatika pada bidang kedokteran.

1.3 Tujuan

Untuk memberikan pengetahuan baik penulis maupun pembaca mengenai Bioinformatika dan pemanfaatanya.

BAB 2

ANALISA

·         Jurnal 1 : Bioinformatika dalam Bidang Klinis

Bioinformatika dalam bidang klinis sering disebut sebagai informasi klinis. Aplikasi dari informasi klinis ini berbentuk mana-jemen data-data klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan oleh Clement J. McDonald dari Indiana University School of Medicine pada tahun 1972. McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33 orang pasien diabetes. Sekarang EMR telah diaplikasikan pada berbagai penyakit. Data yang disimpan meliputi data analisis diagnosis laboratorium, hasil kon-sultasi dan saran, foto rontgen, de-tak jantung, dan lain-lain. Dengan data-data ini dokter akan dapat menentukan obat yang sesuai dengan kondisi pasien.mAplikasi klinis bioinforma-tika dapat dilihat dalam jangka pendek, menengah dan panjang.

Pada jangka pendek, analisis bioinformatika dari proyek genom manusia menghasilkan identifikasi gen-gen penyebab penyakit dan target-target obat dapat ditemukan secara simultan. Bioinformatika memungkinkan identifikasi gen-gen yang rentan terhadap mutasi dan menjelaskan jalur patogenik yang terlibat pada penyakit dan menyediakan kesempatan untuk pengembangan target terapi. Baru-baru ini, target-target potensial pada kanker telah diidentifikasi dari profil ekspresi gen.

Pada jangka panjang, analisis bioinformatika yang terintegrasi dari data genomik, patologik dan klinis pada uji-uji klinis akan memungkinkan reaksi obat dari individu dapat diketahui dengan menggunakan tes genetik yang sederhana. Terutama, farmakogenetik (menggunakan informasi genetik untuk pengobatan secara individual) kelihatannya membawa era baru pada pengobatan individual, pasien akan membawa “kartu hijau” dengan profil genetiknya sendiri untuk obat-obat tertentu sehingga terapi menjadi sangat individual dan pengobatan yang mengarah pada target ini bebas dari efek samping.

·         Penulis : Teresa Liliana Wargasetia.

·         Hasil    : Bioinformatika adalah teknologi pengumpulan, penyimpanan, analisis, dan aplikasi dari data-data biologi terutama biologi molekul. Aplikasi dari bioinformatika dalam penemuan obat ini memunculkan bidang ilmu baru yaitu farmakogenomik yang menggunakan pendekatan genomik untuk identifikasi target-target obat. Setelah target-target obat berupa protein-protein agen penyebab penyakit diketahui, maka dicari atau disintesis zat atau senyawa yang dapat menekan fungsi dari protein-protein tersebut. Senyawa yang digunakan untuk obat dapat dibagi menjadi dua kelas besar yaitu senyawa yang mirip asam nukleat dan ligan yang berikatan dengan lekuk pada struktur DNA.

Jurnal 2 : Bioinformatika Berbasis WEB untuk Eksplorasi Enzim Kitosanase

Eksplorasi enzim merupakan hal yang penting untuk menunjang perkembangan teknologi bio yang lebih ramah lingkungan. Pencarian mikroba secara tradisional dengan kultivasi sekarang ini menjadi lebih tidak efisien karena menghabiskan biaya dan tenaga. Bioinformatik hadir sebagai alternatif pencarian sekuen enzim baru menggunakan analisis filogeni (kekerabatan) untuk mencari spesies terdekat berdasarkan data genome yang di Gene Bank. Situs yang menyediakan fitur ini adalah National Center for Biotechnology Information yang secara online. Metode bioinformatik berbasis web digunakan untuk mencari anotasi (penamaan), pemetaan genome, dan analisis sekuen lanjut lainnya yang dijalankan secara online melalui program yang tersedia secara gratis di web. Keunggulan metode tersebut adalah hemat dan dapat menjadi penelitian pendahuluan sebelum percobaan secara nyata dilakukan.

Penelitian bioinformatik berbasis web ini bertujuan untuk melakukan eksplorasi enzim kitosanase dengan program berbasis web, dengan menggunakan potongan sekuen 16S ribosomal RNA (16S rRNA). Analisis yang dilakukan adalah untuk mencari tahu apakah sekuen tersebut telah ada di Gene Bank atau merupakan strain baru khas Indonesia yang belum terpublikasi. Diharapkan hasil penelitian ini dapat membantu memberikan anotasi (penamaan) untuk strain baru yang memudahkan analisis sekuen DNA dan protein secara lebih lanjut.

Kitosanase adalah sekelompok enzim yang mencerna kitosan tetapi bukan kitin. Menurut Enzyme Commission definisi kitosanase sendiri adalah enzim yang mampu melakukan endohidrolisis ikatan beta-1,4 antarresidu D-glukosamin menjadi kitosan terasetilasi sebagian. Enzim ini sangat penting untuk menjaga keseimbangan antara karbon dan nitrogen yang terjebak sebagai kitin terlarut dalam biomassa. Di bidang kesehatan, kitosanase dari jamur patogen telah terbukti menjadi faktor virulensi putatif, dan dapat memainkan peran penting dalam menginfeksi inang.

·         Penulis : Vanny Narita.

  Jurnal 3 : Bioinformatika Untuk Penemuan Obat

Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan dengan menemukan zat/senyawa yang dapat menekan perkembangbiakan suatu agent penyebab penyakit. Karena perkembangbiakan agent tersebut dipengaruhi oleh banyak faktor, maka faktor-faktor inilah yang dijadikan target. Diantaranya adalah enzim-enzim yang diperlukan untuk perkembangbiakan suatu agent Mula-mula yang harus dilakukan adalah analisa struktur dan fungsi enzim-enzim tersebut. Kemudian mencari atau mensintesa zat/senyawa yang dapat menekan fungsi dari enzim-enzim tersebut. Analisa struktur dan fungsi enzim ini dilakukan dengan cara mengganti asam amino tertentu dan menguji efeknya. Analisa penggantian asam amino ini dahulu dilakukan secara random sehingga memerlukan waktu yang lama. Setelah Bioinformatika berkembang, data-data protein yang sudah dianalisa bebas diakses oleh siapapun, baik data sekuen asam amino-nya seperti yang ada di SWISS-PROT maupun struktur 3D-nya yang tersedia di Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/). Dengan database yang tersedia ini, enzim yang baru ditemukan dapat dibandingkan sekuen asam amino-nya, sehingga bisa diperkirakan asam amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan kestabilan enzim tersebut. Setelah asam amino yang berperan sebagai active site dan kestabilan enzim tersebut ditemukan, kemudian dicari atau disintesa senyawa yang dapat berinteraksi dengan asam amino tersebut. Dengan data yang ada di PDB, maka dapat dilihat struktur 3D suatu enzim termasuk active site-nya, sehingga bisa diperkirakan bentuk senyawa yang akan berinteraksi dengan active site tersebut. Dengan demikian, kita cukup

mensintesa senyawa yang diperkirakan akan berinteraksi, sehingga obat terhadap suatu penyakit akan jauh lebih cepat ditemukan. Cara ini dinamakan “docking” dan telah banyak digunakan oleh perusahaan farmasi untuk penemuan obat baru. Meskipun dengan Bioinformatika ini dapat diperkirakan senyawa yang berinteraksi dan menekan fungsi suatu enzim, namun hasilnya harus dikonfirmasi dahulu melalui eksperimen di laboratorium. Akan tetapi dengan Bioinformatika, semua proses ini bisa dilakukan lebih cepat sehingga lebih efisien baik dari segi waktu maupun finansial. Tahun 1997, Ian Wilmut dari Roslin Institute dan PPL Therapeutics Ltd, Edinburgh, Skotlandia, berhasil mengklon gen manusia yang menghasilkan faktor IX (faktor pembekuan darah), dan memasukkan ke kromosom biri-biri. Diharapkan biri-biri yang selnya mengandung gen manusia faktor IX akan menghasilkan susu yang mengandung faktor pembekuan darah. Jika berhasil diproduksi dalam jumlah banyak maka faktor IX yang diisolasi dari susu harganya bisa lebih murah untuk membantu para penderita hemofilia.

·         Penulis             : Dwi Astuti Aprijani

BAB 3

PENUTUP

Dilihat dari ketiga jurnal tersebut manfaatnya ternyata bidang bioinformatika itu cukup membantu dalam bidang kedoktoren, terutama untuk membantu dokter agar mudah menentukan penyakit yang diderita oleh pasien karena gejala yang ditimbulkan ketika pasien sedang sakit telah ada di dalam database yang nantinya tinggal disimpulkan pasien tersebut mendapatkan penyakit apa.

Daftar Pustaka :

KOMPUTASI MODERN

1.      Buatlah/ Carilah artikel tentang komputasi modern

2.      Sejarah komputasi modern

3.      Sebutkan macam-macam komputasi modern

v KOMPUTASI MODERN

Komputasi modern adalah sebuah konsep sistem yang menerima intruksi-intruksi dan menyimpannya dalam sebuah memory, memory disini bisa juga dari memory komputer. Oleh karena pada saat ini kita melakukan komputasi menggunakan komputer maka bisa dibilang komputer merupakan sebuah komputasi modern. Konsep ini pertama kali digagasi oleh John Von Neumann (1903-1957). Beliau adalah ilmuan yang meletakkan dasar-dasar komputer modern. Von Neumann telah menjadi ilmuwan besar abad 21. Von Neumann memberikan berbagai sumbangsih dalam bidang matematika, teori kuantum, game theory, fisika nuklir, dan ilmu komputer yang di salurkan melalui karya-karyanya . Beliau juga merupakan salah satu ilmuwan yang terkait dalam pembuatan bom atom di Los Alamos pada Perang Dunia II lalu. Kegeniusannya dalam matematika telah terlihat semenjak kecil dengan mampu melakukan pembagian bilangan delapan digit (angka) di dalam kepalanya.

            Dalam kerjanya komputasi modern menghitung dan mencari solusi dari masalah yang ada, dan perhitungan yang dilakukan itu meliputi:

1. Akurasi (big, Floating point)

2. Kecepatan (dalam satuan Hz)

3. Problem Volume Besar (Down Sizzing atau pararel)

4. Modeling (NN & GA)

5. Kompleksitas (Menggunakan Teori big O)

v  MACAM-MACAM KOMPUTASI MODERN

Sebelumnya jenis -jenis komputasi modern terbagi tiga macam, yaitu komputasi mobile (bergerak), komputasi grid, dan komputasi cloud (awan). Penjelasan lebih lanjut dari jenis-jenis komputasi modern sebagai berikut :

1. Mobile computing

Mobile computing atau komputasi bergerak memiliki beberapa penjelasan, salah satunya komputasi bergerak merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel dan mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel.

Dan berdasarkan penjelasan tersebut, untuk kemajuan teknologi ke arah yang lebih dinamis membutuhkan perubahan dari sisi manusia maupun alat. Dan dapat dilihat contoh dari perangkat komputasi bergerak seperti GPS, juga tipe dari komputasi bergerak seperti smart phone, dan lain sebagainya.

2. Grid computing

Komputasi grid menggunakan komputer yang terpisah oleh geografis, didistibusikan dan terhubung oleh jaringan untuk menyelasaikan masalah komputasi skala besar.

Ada beberapa daftar yang dapat dugunakan untuk mengenali sistem komputasi grid, adalah :

·         Sistem untuk koordinat sumber daya komputasi tidak dibawah kendali pusat.

·         Sistem menggunakan standard dan protocol yang terbuka.

·         Sistem mencoba mencapai kualitas pelayanan yang canggih, yang lebih baik diatas kualitas komponen individu pelayanan komputasi grid.

3. Cloud computing
Komputasi cloud merupakan gaya komputasi yang terukur dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.
Komputasi cloud menggambarkan pelengkap baru, konsumsi dan layanan IT berbasis model dalam internet, dan biasanya melibatkan ketentuan dari keterukuran dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.

Perbedaan antara komputasi mobile, grid, dan cloud :

1. Komputasi mobile menggunakan teknologi komputer yang bekerja seperti handphone, sedangkan komputasi grid dan cloud menggunakan komputer.
2. Biaya untuk tenaga komputasi mobile lebih mahal dibandingkan dengan komputasi grid dan cloud.
3. Komputasi mobile tidak membutuhkan tempat dan mudah dibawa kemana-mana, sedangkan grid dan cloud membutuhkan tempat yang khusus.
4. Untuk komputasi mobile proses tergantung si pengguna, komputasi grid proses tergantung pengguna mendapatkan server atau tidak, dan komputasi cloud prosesnya membutuhkan jaringan internet sebagai penghubungnya.

Dan ada juga persamaan antara komputasi mobile, komputasi grid, dan komputasi cloud, penjelasanya sebagai berikut :

1. Ketiganya merupakan metode untuk melakukan komputasi, pemecahan masalah, dan pencarian solusi.
2. Ketiganya memerlukan alat proses data yang modern seperti komputer, laptop atau telepon genggam untuk menjalankannya.

v SEJARAH KOMPUTASI MODERN

Seditik Sejarah Singkat Mengenai Van Nuemann

John von Neumann (1903-1957) adalah ilmuan yang meletakkan dasar-dasar komputer modern. Dalam hidupnya yang singkat, Von Neumann telah menjadi ilmuwan besar abad 21. Von Neumann meningkatkan karya-karyanya dalam bidang matematika, teori kuantum, game theory, fisika nuklir, dan ilmu komputer. Beliau juga merupakan salah seorang ilmuwan yang sangat berpengaruh dalam pembuatan bom atom di Los Alamos pada Perang Dunia II lalu.
Von Neumann dilahirkan di Budapest, Hungaria pada 28 Desember 1903 dengan nama Neumann Janos. Dia adalah anak pertama dari pasangan Neumann Miksa dan Kann Margit. Di sana, nama keluarga diletakkan di depan nama asli. Sehingga dalam bahasa Inggris, nama orang tuanya menjadi Max Neumann. Pada saat Max Neumann memperoleh gelar, maka namanya berubah menjadi Von Neumann. Setelah bergelar doktor dalam ilmu hukum, dia menjadi pengacara untuk sebuah bank. Pada tahun 1903, Budapest terkenal sebagai tempat lahirnya para manusia genius dari bidang sains, penulis, seniman dan musisi.

Von Neumann juga belajar di Berlin dan Zurich dan mendapatkan diploma pada bidang teknik kimia pada tahun 1926. Pada tahun yang sama dia mendapatkan gelar doktor pada bidang matematika dari Universitas Budapest. Keahlian Von Neumann terletak pada bidang teori game yang melahirkan konsep seluler automata, teknologi bom atom, dan komputasi modern yang kemudian melahirkan komputer. Kegeniusannya dalam matematika telah terlihat semenjak kecil dengan mampu melakukan pembagian bilangan delapan digit (angka) di dalam kepalanya.

Setelah mengajar di Berlin dan Hamburg, Von Neumann pindah ke Amerika pada tahun 1930 dan bekerja di Universitas Princeton serta menjadi salah satu pendiri Institute for Advanced Studies.
Dipicu ketertarikannya pada hidrodinamika dan kesulitan penyelesaian persamaan diferensial parsial nonlinier yang digunakan, Von Neumann kemudian beralih dalam bidang komputasi.  Sebagai konsultan pada pengembangan ENIAC, dia merancang konsep arsitektur komputer yang masih dipakai sampai sekarang. Arsitektur Von Nuemann adalah komputer dengan program yang tersimpan (program dan data disimpan pada memori) dengan pengendali pusat, I/O, dan memori. (dna)


Sumber Materi :
http://rikardo-game.blogspot.com/2011/04/sejarah-komputasi-modern.html
http://www.beritanet.com/Education/John-Von-Neumann.html
http://en.wikipedia.org/wiki/History_of_computing

http://coretanmuvi.blogspot.com/2012/03/komputasi-modern.html

http://faris6593.blogspot.co.id/2015/04/softskill-pengertian-komputasi-modern-dan-jenisnya.html

Sistem Terdistribusi

Interface Service

Interface service adalah metode standard komunikasi yang dapat dipakai oleh siapapun tanpa membedakan vendornya. Interface Service merupakan titik point yang konsumen gunakan untuk mengakses fungsionalitas yang diarahkan oleh aplikasi. Interface Service biasanya menggunakan alamat jaringan, yang berarti bahwa ia dapat  di akses oleh konsumen lebih dari beberapa macam komunikasi jarigan. Alamat jaringan dapat terkenal lokasinya atau ia dapat terkandung dari direktori service seperti UDDI.

Interface Service mengimplementasikan kontrak antara konsumen dan penyedia. Kontrak ini memungkinkan mereka untuk bertukar informasi bahkan jika mereka berada di sistem yang berbeda. Interface Service bertanggung jawab untuk semua rincian pelaksanaan yang dibutuhkan untuk melakukan komunikasi ini. Rincian tersebut termasuk tetapi tidak terbatas pada:

• Network protocol

Interface Service harus merangkum semua aspek dari network protocol yang digunakan untuk komunikasi antara konsumen dan pelayanan. Sebagai contoh, anggaplah layanan terkena konsumen melalui HTTP melalui jaringan TCP/IP. Anda dapat menerapkan Interface Service sebagai komponen ASP.NET diterbitkan ke URL terkenal. Komponen ASP.NET menerima permintaan HTTP, ekstrak informasi yang dibutuhkan oleh layanan untuk memproses permintaan tersebut, memanggil implementasi layanan, paket respon layanan, dan mengirim respon kembali ke konsumen sebagai respon HTTP. Dari perspektif layanan, satu-satunya komponen yang memahami HTTP adalah antarmuka layanan. Pelaksanaan layanan memiliki kontrak sendiri dengan antarmuka layanan dan seharusnya tidak memiliki ketergantungan pada spesifikasi teknologi yang digunakan konsumen untuk berkomunikasi dengan antarmuka layanan.

• Data formats

Menerjemahkan Interface Service konsumen antara format data dan format data yang mengharapkan layanan. Sebagai contoh, konsumen eksternal untuk perusahaan dapat menyediakan data dan mengharapkan data yg berada dalam format XML yang sesuai dengan skema standar industri XML. Konsumen internal untuk perusahaan mungkin ingin menggunakan format XML dioptimalkan untuk layanan tertentu. Interface Service bertanggung jawab untuk mengubah dan pemetaan kedua format data dalam format yang dapat menggunakan layanan ini. Pelaksanaan pelayanan tidak memiliki pengetahuan tentang format data spesifik Interface Service mungkin gunakan untuk berkomunikasi dengan konsumen.

• Security

Interface Service harus dipertimbangkan batas kepercayaan sendiri. Konsumen yang berbeda mungkin memiliki persyaratan keamanan yang berbeda, jadi terserah untuk Interface Service untuk melaksanakan konsumen spesifik persyaratan. Misalnya, konsumen eksternal untuk perusahaan umumnya akan memiliki persyaratan keamanan yang lebih ketat daripada konsumen internal untuk perusahaan. Konsumen eksternal mungkin memiliki persyaratan otentikasi kuat dan hanya dapat diberi kewenangan untuk melakukan subset yang sangat terbatas dari operasi yang berwenang untuk konsumen internal. Konsumen internal dapat dipercaya secara implisit untuk kebanyakan operasi dan hanya membutuhkan otorisasi untuk operasi yang paling sensitif.

• Service level agreements

Interface Service memiliki peran signifikan dalam memastikan bahwa pelayanan memenuhi komitmen tingkat layanan untuk satu set khusus konsumen. Interface Service dapat mengimplementasikan caching untuk meningkatkan waktu respon dan mengurangi konsumsi bandwidth. Beberapa contoh dari Interface Service dapat digunakan di satu set beban-seimbang node pengolahan untuk mencapai skalabilitas, ketersediaan, dan kesalahan-toleransi persyaratan.

File Sistem Terdistribusi

1. Pengertian File Sistem Terdistribusi

File Sistem Terdistribusi adalah file sistem yang mendukung sharing files dan resources dalam bentuk penyimpanan persistent di sebuah network. Tujuan utama dari sistem file terdistribusi yaitu mencontoh fungsi dari sistem file non‐terdistribusi pada program klien yang berjalan di komputer‐komputer dalam suatu jaringan. Dimulai dengan pembahasan mengenai sistem storage terdistribusi dan non‐terdistribusi. Sistem file terdistribusi mendukung pengiriman informasi dalam bentuk file dan sesumber hardware dalam bentuk storage lewat intranet.

2. Pengenalan File Service

File service adalah suatu perincian atau pelayanan dari file system yang ditawarkan pada komputer client. Suatu file server adalah implementasi dari file service dan berjalan pada satu atau lebih mesin.

File itu sendiri berisi dari nama, data dan atribut file seperti kepemilikan file, ukuran, waktu pembuatan file dan hak akses file. File sistem merupakan mekanisme penyimpanan online serta untuk akses, baik data maupun program yang berada dalam sistem operasi.

3. Karakteristik File Sistem

File Sistem adalah bertanggung jawab untuk pengorganisasian, penyimpanan, pencarian keterangan, penamaan, sharing atau pembagian dan protection atau perlindungan dari file-file.

File berisi dari dua bagian penting yaitu data dan atribut. File sistem didesain untuk menyimpan dan mengatur banyak dan besar file dengan fasilitas untuk membuat, memberi nama dan menghapus file. File system juga bertanggung jawab untuk pengontrolan dari akses file, akses terbatas ke file oleh user yang berhak dan tipe-tipe dari akses yang diminta.

4. Operasi pada file

Create / delete
Query / Modifikasi Atribut
Open / Close
Read / Write
Akses Kontrol

5. Organisasi penyimpanan

Struktur direktori (hirarki, pathname)
Metadata (pengaturan informasi file) : atribut file, informasi struktur direktori, dll.

6. Atribut File

File adalah kumpulan informasi berkait yang diberi nama dan direkam pada penyimpanan sekunder. Atribut file terdir dari :

• Nama

Merupakan satu-satunya informasi yang tetap dalam bentuk yang bisa dibaca oleh manusia (human readable form)

• Type

Dibutuhkan untuk sistem yang mendukung beberapa tipe berbeda

• Lokasi

Merupakan pointer atau penunjuk ke device dan lokasi file pada device tersebut berada

• Ukuran (Size)

Ukuran file pada saat itu, baik dalam byte, huruf ataupun blok

• Proteksi

Informasi mengenai kontrol akses, misalnya siapa saja yang boleh membaca, menulis dan mengeksekusi file

• Waktu, tanggal dan identifikasi pengguna

Informasi ini biasanya disimpan untuk :

• Pembuatan file
• Modifikasi terakhir yang dilakukan pada file
• Penggunaan terakhir file

7. Struktur File System

Modul direktori : menghubungkan nama file  dengan ID file

• Modul File : menghubungkan ID dengan file tertentu
• Modul Akses Kontrol : memeriksa permission utuk operasi yang diminta
• Modul Akses File : read / write data file atau atribut
• Modul Blok : akses dan alokasi blok disk
• Modul Perangkat : disk I/O dan buffering

8. Komponen File service
9. Komponen-komponen file service adalah terdiri dari :

File Service
Pengoperasian dari masing-masing file.
Directory Service
Management atau pengaturan direktori
Naming Service

10. Location Independence :

File dapat dipindahkan tanpa penggantian nama

11. Kebutuhan file sistem terdistribusi
12. Transpansi

Keseimbangan antara flesibilitas dan skalabilitas terhadap kompleksitas dan performansi dalam desainnya.

13. Update file konkuren

Perubahan pada sebuah file oleh seorang klien seharusnya tidak menganggu operasi dari

klien lain yang pada saat bersamaan mengakses atau mengubah file yang sama.

14. Replikasi file

Beberapa file service mendukung penuh replikasi, tetapi kebanyakan mendukung caching file atau portion file secara lokal, bentuk replikasi yang terbatas.

15. Ke‐heterogen‐an sistem operasi dan hardware

Antarmuka service sebaiknya didefinisikan sehingga software klien dan server dapat diimplementasikan untuk sistem operasi dan komputer yang berbeda.

16. Toleransi kesalahan

Server bisa menjadi stateless, sehingga dapat di‐restart dan service di‐restore kembali setelah mengalami failure tanpa perlu me‐recover state sebelumnya.

17. Konsistensi

Ketika file‐file direplikasi atau di‐cache pada site yang berbeda, ada delay yang tak bisa dihindari pada propagasi modifikasi dari satu site ke set lain yang membawa copy, dan ini bisa menghasilkan beberapa deviasi dari one‐copy semantic.

18. Keamanan

Secara virtual, semua sistem file menyediakan mekanisme kontrol akses berdasarkan kegunaan dari daftar kontrol akses.

19. Efisiensi

File service terdistribusi sebaiknya menawarkan fasilitas yang paling tidak, sama bagusnya dengan yang ditemukan pada sistem file konvensional, dan sebaiknya mendapat level performance yang dapat diperhitungkan.

Komponen File Service

Komponen-komponen file service terdiri dari :

1. File Service

Pengoperasian dari masing-masing file atau File service adalah suatu perincian atau pelayanan dari file system yang ditawarkan pada komputer client. Suatu file server adalah implementasi dari file service dan berjalan pada satu atau lebih mesin. File itu sendiri berisi dari nama, data dan atribut file seperti kepemilikan file, ukuran, waktu pembuatan file dan hak akses file.

2. Directory Service

Management atau pengaturan direktori. Sebuah service yang digunakan untuk menghubungkan semua resource yang ada pada jaringan dan berperan semacam sebuah buku telpon raksasa. Directory service pada NT 4 mempunyai peran penting dalam mengatur proses logon dan administrasi security secara terpusat.
Pada generasi DS yang lebih lanjut, Microsoft memperkenalkan ADS yang disertakan bersama OS Windows 2000 server. ADS generasi kedua ini mempunyai kemampuan yang jauh lebih besar daripada pendahulunya. Selain itu Microsoft juga mempermudah administrasi dari ADS dengan menggunakan system hierarchical view dan multimaster.

3. Naming Service

Suatu name service dapat menyimpan kumpulan satu atau lebih konteks penamaan yaitu sehimpunan keterkaitan antara nama dan atribut objek, seperti user, komputer, services, dan remote object.
Contoh File Service : NFS (Network File System) dan AFS (Andrew File System)

Link Kelompok :
1. Aditya Bagus Rukmana : http://adityabagusrukmana08.blogspot.co.id/2016/04/file-sistem-terdistribusi.html

2. Firmansyah : http://mansyah408.blogspot.co.id/2016/04/komputasi-modern-sejarah-komputasi.html

3. Ibnu Umar :

4. Nova Andriatna S : https://novaandriatnas.wordpress.com/2016/04/18/sistem-terdistribusi/#more-238

5. Tarmizi H Ambo :

Komputasi Modern Pada Pemesanan Tiket Pesawat Via Web

Maulana Iqbal
54412485
4IA04

KOMPUTASI MODERN 

Komputasi Modern merupakan sebuah sistem yang akan menyelesaikan masalah matematis menggunakan komputer dengan cara menyusun algoritma yang dapat dimengerti oleh komputer yang berguna untuk menyelesaikan suatu masalah.  Dalam komputasi modern terdapat perhitungan dan pencarian solusi dari masalah. Perhitungan dari komputasi modern adalah akurasi, kecepatan, problem, volume dan besar kompleksitas.

Salah satu tokoh yang sangat mempengaruhi perkembangan komputasi modern adalah John von Neumann (1903-1957), Beliau adalah ilmuan yang meletakkan dasar-dasar komputer modern.Von Neumann telah menjadi ilmuwan besar abad 21. Von Neumann memberikan berbagai sumbangsih dalam bidang matematika, teori kuantum, game theory, fisika nuklir, dan ilmu komputer  yang di salurkan melalui karya-karyanya . Beliau juga merupakan salah satu ilmuwan yang terkait dalam pembuatan bom atom di Los Alamos pada Perang Dunia II lalu.

Jenis-jenis komputasi modern  :

1.   Mobile computing : suatu kemajuan teknologi komputer yang dapat berkomunikasi dengan menggunakan suatu jaringan tanpa perlu menggunakan kabel. Contohnya smartphone

2.     Grid computing : sebuah sistem komputasi terdistribusi yang memungkinkan seluruh sumber daya dalam jaringan membentuk sebuah sistem tunggal secara virtual

3.    Cloud computing : komputasi yang terukur dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.

Salah satu website yang sudah menggunakan komputasi modern adalah website tentang pemesanan tiket pesawat yaitu Traveloka, komputasi modern yang diterapkan dalam website tersebut adalah berkaitan dengan e-commerce.

Pada bagian menu utama berikut, kita dapat mencari jadwal penerbangan dan juga biaya perjalanan. Dengan cara mengisi kota asal dan juga kota tujuan. Kemudian tentukan waktu penerbangan dan juga jumlah penumpang yang ingin melakukan perjalanan.

Setelah mengisi semua pilihan yang ada pada tampilan sebelumnya, kemudian pada bagian ini terdapat jenis maskapai, berangkat dan tiba di bandara, durasi penerbangan, fasilitas yang disediakan di maskapai tersebut dan juga harga perorang. Di bagian ini tertera pula ingin pesan sekarang atau tidak, pada tahap ini terjadi pemrosesan komputasi modern.

 

Kesimpulan :
Pada website http://www.traveloka.com/ calon penumpang dapat menentukan jadwal keberangkatan dan jenis maskapai yang ingin ditumpangi. Dapat disimpulkan bahwa website ini sudah menerapkan komputasi modern yang memudahkan calon penumpang dalam hal pembayaran secara efisien dan merencanakan perjalanan atau liburan dengan baik.